Действие происходит в 2015 году. За 15 лет до этого (13 сентября 2000 года) при таинственных обстоятельствах произошла ужасная катастрофа — всеобщее потепление или Второй Удар (после Первого Удара погибли динозавры). Растаяли льды Антарктиды, погибло три четверти человечества, большая часть суши оказалась под водой.Секретная организация «NERV», действующая под эгидой ООН, создает Токио-3 — огромную военную базу. Задача Токио-3 — защита человечества от начавших появляться на Земле таинственных гигантских Ангелов или Посланников. Единственное оружие, могущее им противостоять — пилотируемые биороботы серии «Евангелион». Однако управлять «Евами» могут только подростки, зачатые после Второго Удара.Первым боевым пилотом «Евы» становится четырнадцатилетний Икари Синдзи, сын руководителя «NERV» Икари Гэндо, — замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий свое отдаление от отца. Схожими проблемами страдают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники «NERV», от которых их высокое начальство скрывает истинный смысл проекта — наступление окончательного Конца Света…

1850 год. Лилит Сильвер спешит к дому сэра Сетана Блейка, который готовится к дуэли с ее возлюбленным. Но девушка опаздывает — ее парень мертв. Лилит хватает упавший пистолет и стреляет в Сетана, но тому пули не причиняют ни малейшего вреда. Сетан кусает Лилит в шею и таким образом превращает в вампиршу…

Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники 9-го отдела начинают охоту на танк, который самовольно покинул военный полигон, а также проводят расследование серию загадочных самоубийств андроидов старых моделей. После смерти друга Тогусы агенты нападают на след таинственного хакера, известного под именем Смеющийся Человек.

Мима Киригоэ — одна из участниц поп-группы. Девушка решает сменить род деятельности и пробует стать актрисой. Далеко не все её поклонники рады такому решению, особенно в такого рода неприятии преуспевает парень, называющий себя Мэ-манией. Чем дальше Мима продвигается по новой стезе, тем больше близких людей начинают умирать насильственной смертью, а сама героиня начинает терять грань между реальностью и вымыслом.