Главная героиня Саяка искренно влюблена в парня Акихико, который за всё время, сколько они знакомы, никогда особо не обращал на неё внимание. Да и сама девушка боится признаться ему…

Аякаши — это паразитическая форма жизни, которая дает носителю сверхспособности, взамен забирая жизненную силу. Кусака Юуу — студент, который потерял волю к жизни после смерти друга детства, вплоть до момента появления загадочной девушки по имени Ёаке Эйму. Начиная с этого момента, его жизнь никогда не станет прежней. Аякаши и их носители начинают охоту на него, что высвобождает скрытые в Юуу силы и начинается нескончаемая битва.

Цукунэ Аоно проваливает вступительные экзамены в старшую школу. Парень просто в отчаянии, ведь все его друзья поступили. Неожиданно он натыкается на объявлении о наборе учеников в Призрачную Академию, куда берут с любыми оценками. Не веря своему счастью, Цукунэ тотчас отправляет туда свои документы. Но когда за героем приезжает школьный автобус, а затем ныряет в портал, он понимает, что здесь что-то не так. Вскоре парень понимает, что попал в школу для нечисти. Первым его желанием было удрать куда подальше из этого жуткого места, но Цукунэ встречает привлекательную и милую девушку, которая тоже новичок в этой школе и ищет друзей. Очарованный её красотой герой решает остаться, но и у такой девушки есть своя тайна, которую хранит крест, висящий у неё на груди.

Действие анимационного фильма происходит в Академия Кросс – закрытой школе-интернате, в которой есть деление на Дневной и Ночной классы. Старосты Дневного класса — Юуки Кросс, которая приходится приёмной дочерью директора, и Зэро Кирию, сирота, чьи родители погибли от рук высшего вампира — следят за тем, чтобы соблюдался порядок среди учеников и пресечь все контакты Дневного класса с Ночным. Только им двоим известно, что после захода солнца в школе преподают уроки для вампиров, поэтому крайне важно сохранить их тайну.

Прошло 6 месяцев после хаоса, произошедшего в Икэбукуро. Горожане вновь живут обычной жизнью, а ученики старших классов радуются каждому дню своей юности. Однако эта идиллия длится не вечно, и на смену умиротворённой жизни приходит полнейшее безумие: нечто неизвестное захватывает город, устраивая ещё один хаос.