Много тысячелетий назад на Луне существовало Королевство Серебряный Миллениум. Мир и покой царствовали в нём, пока демоны из Тёмного Царства не напали на процветающий город. В этой беспощадной войне не выжил никто. Королева с помощью Серебряного Кристалла заточила Зло и смогла спасти только свою дочь, погрузив её в глубокий сон. Спустя много столетий демоны пробуждаются и снова норовят напасть, но уже на Землю, которая за это время стала необычайно прекрасной. Но кто теперь сможет встать на защиту человечества?

На Земле остаётся только два государства, которые находятся на грани войны. Но когда на планету вторгаются пришельцы – безжалостные роботы, уничтожающие всё на своём пути, – им приходится объединиться. Чтобы победить незваных гостей, которых не берёт ничего, лучшие учёные Земли создают чудо-оружие. Этим новейшим изобретением могут управлять только молодые девушки, обладающие магией. Эти хрупкие девушки – последняя надежда человечества.

Цукунэ Аоно проваливает вступительные экзамены в старшую школу. Парень просто в отчаянии, ведь все его друзья поступили. Неожиданно он натыкается на объявлении о наборе учеников в Призрачную Академию, куда берут с любыми оценками. Не веря своему счастью, Цукунэ тотчас отправляет туда свои документы. Но когда за героем приезжает школьный автобус, а затем ныряет в портал, он понимает, что здесь что-то не так. Вскоре парень понимает, что попал в школу для нечисти. Первым его желанием было удрать куда подальше из этого жуткого места, но Цукунэ встречает привлекательную и милую девушку, которая тоже новичок в этой школе и ищет друзей. Очарованный её красотой герой решает остаться, но и у такой девушки есть своя тайна, которую хранит крест, висящий у неё на груди.

Действие анимационного фильма разворачивается в Великобритании в XIX веке. Главный герой Джонатан Джостар живёт счастливой и беззаботной жизнью, пока в семейном особняке не появляется Дио Брандо, сын Дарио Брандо, человека, который когда-то спас жизнь его отцу, сэру Джостару. Джонатан, как ни странно, рад такому повороту событий, ведь у него появляется друг. Но герой рано обрадовался: новоиспечённый сыночек решает избавиться от Джонатана, единственного наследника огромного состояния семьи Джостаров, и забрать всё себе.

Микадо Рюгаминэ живёт тихой и спокойной жизнью, проводя больше времени в интернете, чем на улице с друзьями. Неожиданно парень решает кардинально изменить свою жизнь и по совету своего друга Масаоми Киды переезжает в Икэбукуро, самы йтёмный район Токио. Вот уж где не соскучишься! Здесь происходят таинственные события: люди пропадают без вести, аптеки ведут свои тёмные дела, и почти каждый вечер здесь можно наткнуться на разборки местных банд, что уж говорить о Всаднике без головы, который разъезжает по улицам на мотоцикле.

Хэй и Инь решают покинуть Синдикат, чтобы обрести свободу действий. Волею судьбы герои оказываются во Владивостоке, который оказывается населён людьми всех национальностей, как библейский Вавилон.

Прошло 6 месяцев после хаоса, произошедшего в Икэбукуро. Горожане вновь живут обычной жизнью, а ученики старших классов радуются каждому дню своей юности. Однако эта идиллия длится не вечно, и на смену умиротворённой жизни приходит полнейшее безумие: нечто неизвестное захватывает город, устраивая ещё один хаос.