Через два года после того, как Вилли выпускают из парка развлечений на волю, Джесси живёт в новой семье. На лето они едут к побережью, где Джесси узнаёт о смерти своей родной матери. Эта новость расстраивает мальчика, он грустит на берегу океана, играя на губной гармошке. На эти звуки приплывает его старый и любимый друг - косатка Вилли. Но радостная встреча омрачена угрозой, исходящей от севшего на мель и разливающего нефть танкера. Вилли снова нуждается в помощи Джесси.

Джесси сбежал из дома и живёт на улице, добывая себе на пропитание попрошайничеством и воровством. Однажды в парке развлечений он увидел огромную косатку и быстро нашёл с ней общий язык. Косатку доставили в парк для развлечения посетителей и дали имя Вилли, но у дрессировщика не получается обучить её трюкам. Перед публикой Вилли показывает полное непослушание, чем вызывает гнев хозяина аттракциона, который собирается избавиться от Вилли и получить страховку. Но у зубастой косатки есть верный друг, который приложит все усилия для спасения Вилли.

Капитан китобойного судна Джон Уэсли видит в китах лишь хороший источник дохода. Он берёт на охоту своего сына Макса, чтобы показать ему своё "мастерство". Макс не в восторге от работы своего отца, но сказать это прямо он не в силах. Однако охота оборачивается побегом от разъяренного кита, атакующего китобойное судно. Лишь доброта Макса спасает китобоя и его судно от гибели.