Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

История Джека, одного из трёх братьев. В 11-летнем возрасте мир кажется ему чудесным. Мама олицетворяет для него любовь, милосердие, а отец - силу и жестокость реального мира. Джек пытается примирить в себе два видения мира, которые он получает от родителей. Но действительность оказывается куда более беспощадной, когда Джеку впервые придётся столкнуться с болью, страданиями и смертью.

Действие происходит в альтернативном мире. После того, как смертельный вирус поверг в панику население Великобритании, диктатор устанавливает в стране тоталитарный режим. Революционер по имени «V» начинает свою борьбу за свободу, привлекая на свою сторону всё население Лондона.

Действие происходит во время Второй мировой войне на Тихом океане. В самый разгар сражения за остров Гуадалканал отправляют на помощь батальон, но постепенно их цель сводится лишь к попытке выжить...

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...

Шесть историй, которые таинственно связаны друг с другом. Все они о шести реинкарнациях одной души, рождённой в нашем мире в разные временные отрезки.

Спиди - молодой автогонщик, который мечтает о славе. Он мечтает стать лучшим на треке с помощью своей быстрой и мощной машины «Мак-5».

«Титаник» - огромный лайнер, вышедший в своё первое плавание в статусе «непотопляемого». Роза и Джек - два человека из разных слоев общества - влюбляются друг в друга на борту лайнера. Однако «Титаник» суждено было столкнуться с айсбергом, а влюблённым сражаться со смертью сначала в тонущем корабле, а потом в ледяных водах Северной Атлантики.

Во время Хэллоуина к рок-музыканту Эрику с его невесте ворвались преступники, изнасиловали девушку, и убили обоих. Но через год странным образом Эрик возрадился, но не как человек, а как ворон, жаждущий мести...