Однажды чёрный кот Рудольф теряет своего хозяина и оказывается совсем один в огромном Токио. Здесь по счастливому случаю он встречает кота-бродягу Иппая, который пользуется большим уважением среди уличных котов. Мудрый и бывалый Иппай берёт под опеку Рудольфа, помогая выжить своему новому знакомому на суровых улицах Токио.

Альтернативная реальность. Британская империя устанавливает свою власть над всей планетой, непокорные караются всей мощью её военной машины. Лелуш, опальный отпрыск императорского рода, ставит перед собою цель разрушить деспотичную империю. Получив магический дар Гиас, революционер достигает своей цели и погибает, но его история на этом не заканчивается.

Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники 9-го отдела начинают охоту на танк, который самовольно покинул военный полигон, а также проводят расследование серию загадочных самоубийств андроидов старых моделей. После смерти друга Тогусы агенты нападают на след таинственного хакера, известного под именем Смеющийся Человек.

2034-ый год. Минуло 2 года после того, как Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел. Тогуса — новый руководитель команды, в которой изрядно увеличилось количество персонала. Оперативники сталкиваются со множеством сложных инцидентов и приходят к выводу, что за всеми ними стоит хакер по имени Кукольник.

Надэшико Кагамихара мечтает увидеть гору Фудзи, которую прежде видела только на картинках и буклетах. Сев на велосипед, героиня отправляется к подножью горы, но погода в этот день портится и с осуществлением мечты приходится подождать. Надэшико решает повернуть назад и вернуться домой, но вот беда – она заблудилась. Неизвестно, чем бы всё закончилось, если бы девушка не встретила Рин Шиму, которая часто разбивает лагерь неподалёку и наслаждается красотами природы.

Во время Гражданской войны Химура Кеншин, добровольно поступив на службу, стал тайным палачом, убивая самых влиятельных лидеров оппозиции. Но время битвы окончилось, и он, решив, что больше не возьмёт в руки катану отправляется путешествовать по стране, чтобы помогать слабым и беззащитным, так как их по-прежнему притесняют. В Токио Кеншин помогает девушке Каору, которая преподаёт кендо, спасти своё додзё от бандитов. Раскрыв преступникам свою настоящую личность, он заставляет удариться их главаря в бега. Решив, что на этом его дело закончено, герой решает продолжить свой путь, но Каору предлагает ему остаться и помочь восстановить разрушенное после битвы додзё. Но недолго Кеншин наслаждается спокойной жизнью, ведь прошлое следует за ним по пятам…

Действие происходит в эпоху Сэнгоку. Отряд китайских воинов прибывает в Японию для продажи новейшего вооружения. Но на самом деле это только прикрытие. Во главе со старым алхимиком они собирают ингредиенты для приготовления напитка бессмертия для императора. И последним элементом для завершения зелья является маленький мальчик, который спешит в буддийский храм, где найдёт защиту монахов.

17-летний Сосуке Сагара, который работает на военную организацию МИФРИЛ, поступает в школу, чтобы стать тайным телохранителем некой Канаме Тидори. На эту обычную, на первый взгляд, девушку охотятся террористы, убеждённые, что она обладает необычными и ценными сверхъестественными способностями.

Люпен вместе со своими друзьями отправляется на поиски огромного сокровища, которое принадлежало последней русской царской династии. К ним присоединяется выжившая княжна Романова, с помощью которой герои выходят на след сокровищ. Но не только они охотятся за кладом. Григорий Распутин тоже избежал гибели и решает всеми силами опередить княжну и её спутников.

Прошло 6 месяцев после хаоса, произошедшего в Икэбукуро. Горожане вновь живут обычной жизнью, а ученики старших классов радуются каждому дню своей юности. Однако эта идиллия длится не вечно, и на смену умиротворённой жизни приходит полнейшее безумие: нечто неизвестное захватывает город, устраивая ещё один хаос.