В последней части трилогии о черепахе-мутанте Гамере школьница Яана находит в пещере гигантское яйцо, в котором по легенде скрываются демоны. Из яйца вылупляется маленький монстрик, девочка решает его приручить.Монстр растет, а вместе с ним растет и тайная угроза Японии и всему человечеству. Если огнедышащая Гамера не придет на помощь миру и не изничтожит на корню кровожадное чудовище, грозящееся погубить Землю, наступит новый конец света.

У берегов острова Гуам при невыясненных обстоятельствах потерпела крушение американская подводная лодка. Адмирал Татибана убежден, что катастрофа произошла по вине Годзиллы, короля всех монстров, и что спустя почти полвека после первого нападения на Токио Годзилла возвращается, чтобы уничтожить Японию.Чтобы подтвердить или опровергнуть утверждение адмирала, его дочь Юрико, репортер популярной телепрограммы, пытается выяснить, что скрывается за тремя совершенно различными происшествиями, которые случились в трех разных районах страны.Она знакомится с таинственным стариком Исаямой, и он рассказывает Юрико о трех монстрах, контролирующих небеса (Королевская Гибра), морские просторы (Мотра) и земное пространство (Барагон). Только им под силу справиться с разгневанной Годзиллой…

Чтобы защитить страну от Годзиллы, если она вдруг опять нападет на Японию, ученые сконструировали Механическую Годзиллу — гигантского управляемого робота, наделенного всеми функциями, имеющимися у живого монстра.В процессе создания робота были использованы полностью органические ткани организма монстра, выращенные искусственным образом из молекул ДНК Годзиллы, которые были сохранены с 1954 года, со времени первого нападения чудовища на Японию. Настоящий монстр Годзилла, конечно, просыпается и идет крушить японцев. Те выставляют на бой Меха-Годзиллу.

Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, — абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь. Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра — от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и с Меха-Годзиллой…