Действие происходит в 2015 году. За 15 лет до этого (13 сентября 2000 года) при таинственных обстоятельствах произошла ужасная катастрофа — всеобщее потепление или Второй Удар (после Первого Удара погибли динозавры). Растаяли льды Антарктиды, погибло три четверти человечества, большая часть суши оказалась под водой.Секретная организация «NERV», действующая под эгидой ООН, создает Токио-3 — огромную военную базу. Задача Токио-3 — защита человечества от начавших появляться на Земле таинственных гигантских Ангелов или Посланников. Единственное оружие, могущее им противостоять — пилотируемые биороботы серии «Евангелион». Однако управлять «Евами» могут только подростки, зачатые после Второго Удара.Первым боевым пилотом «Евы» становится четырнадцатилетний Икари Синдзи, сын руководителя «NERV» Икари Гэндо, — замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий свое отдаление от отца. Схожими проблемами страдают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники «NERV», от которых их высокое начальство скрывает истинный смысл проекта — наступление окончательного Конца Света…

В конце II Мировой войны, через мгновение после известий о бомбёжке Хиросимы, суперсекретный японский линкор «Ра» столкнулся со своим американским собратом, и в результате непродолжительного боя оба канули в лету. Через 50 лет потомки офицеров «Ра» в числе спецподразделения ООН отправляются в Антарктиду, чтобы изучить необычный феномен, и обнаруживают там таинственную чёрную колонну, которая уничтожает почти всю команду. Но это оказывается только началом битвы, в которой всё человечество может быть уничтожено за считанные секунды.

Обрушившееся на Землю катастрофа названная «Вторым Ударом» погубила большую часть человечества. После многих лет ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток, Икари Синдзи, получает от отца, являющегося командующим секретной военной организации Nerv, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3 — отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — человекоподобного робота, разработанного в режиме секретности. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. Но видя, что единственным человеком способным пилотировать её оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота.

Анимационный фильм рассказывает о группе друзей, которые отравляются на запад, чтобы помешать воскрешению самой сильной сверхъестественной нечисти, ёкаю. Несмотря на то, что герои сами наполовину ёкаи, они верят в мир без монстров, притесняющих человечество, и всячески помогают тем, кто оказался в беде.

История вращается вокруг онлайновой игры под названием «The World». Прошло четыре года спустя происшествия под кодовым названием «Twilight», который потряс не только мир игры, но и реальный мир. Корпорация CyberConnect, создатель и оператор «The World», проводит для игроков кампанию «Limited Edition Character». Призом этой кампании должны послужить легендарные персонажи «Kite» и «Black Rose». Брат и сестра, учащиеся в 2-м классе старшей школы, Сюго и Рэна, успешно выигрывают этих персонажей. Сюго, собиравшийся выйти из игры, вынужден снова ступить на землю «The World», после того, как его пригласила туда сестра.