Немного сумасшедший профессор работает над вакциной от СПИДа, но вместо неё получает новый смертоносный вирус. Он разрушает тело и быстро приводит мозг в агрессивное состояние. Теперь у профессора появилась другая цель: защитить себя и дорогих ему людей от этого вируса.

Сара Коннор и её сын Джон, отец которого был солдатом, прибывшем из будущего, чтобы спасти его мать, стараются свести к минимуму все попытки правительства обнаружить себя. Избегая стычек с правительством, они также планируют аннигиляцию корпорации Skynet, которая в будущем поработит человечество. Действие происходит после событий, произошедших в «Терминаторе 2: Судный день».