События мультфильма разворачиваются на вымышленном острове Южный Крест, на берега которого однажды ночью выбрасывает мальчика по имени Такуто. Он записывается в местную школу и с помощью новых друзей Такуто собирается выяснить, не врёт ли городская легенда о пилотах с невиданными возможностями.

Будучи изгнанный из сиротского приюта Ацуси Накадзиму спасает Осаму Дадзай, пытающегося утопиться. Позже становится известно, что несостоявшийся утопленник работает на спецагентство, чьи сотрудники обладают сверхъестественными способностями и помогают полиции и военным.

Несправедливо выставленный из приюта для сирот Ацуси Накаджиму, умирая от голода, спасает Осаму Дазай, решившего покончить жизнь самоубийством. Обладая сверхспособностями, суицидник работает на необычное детективное агентство, помогающее в трудных и тяжёлых делах полиции и армии.

Продолжение приключений Ацуси и детективов из специального агентства.

По всему миру неожиданно начинают происходить самоубийства людей, которые обладают сверхспособностями. Анго Сакагучи, помощник учёных по изучению людей с уникальными способностями, обращается в «Вооружённое детективное агентство» с просьбой о помощи в поимке виновных.