Действие аниме-фильма происходит на военном судне «Эгида», на точной копии реального корабля Министерства обороны Японии. На судне был обнаружен труп, и есть предположение, что на корабль тайно проник шпион по прозвищу Х. Юному. Проницательному главному герою предстоит расследовать это дело.

Фильм сделан в лучших традициях аниме и фантастики. Противостоянии двух цивилизаций человечества и планеты, которая после поражения самого большого Годзиллы, создаёт и посылает на бой нового монстра - Кинга Гидору.

Сбежав от опасных монстров, возглавляемых Годзиллой, на другую планету, люди обнаруживают, что их новый дом не пригоден для жизни. Появляется группа, которая хочет вернуться на Землю, чтобы дать бой чудовищам, и они решают повернуть назад. Однако из-за ошибки в системе навигации корабль выходит из гиперпространства около родной планеты спустя 20 000 лет после побега. На Земле полностью уничтожены следы пребывания человечества, а во главе пищевой цепочки находится Годзилла.

Два студента университета натыкаются на, казалось бы, безобидную девушку по имени Люси, не подозревая, что та является серийным убийцей-мутантом с раздвоением личности.