Эдвард и Альфонс Элрики, владеющие искусством алхимии, пытались вернуть к жизни свою мать, которая скончалась от болезни. Но бросив такой дерзкий вызов судьбе, они забыли о главном Законе алхимии, который гласит: чтобы получить желаемое, ты должен отдать что-то равноценное этому. Их эксперимент закончился неудачей, вследствие чего Эдвард лишился руки и ноги, а младший брат и вовсе всего тела. Но Эдвард успевает запечатать душу брата в стальных доспехах. Повзрослев и набравшись опыта, братья отправляются на поиски философского камня, который позволяет обойти Закон, чтобы закончить начатое.

Действие анимационного фильма происходит в горной деревушке Сотоба. Но не всех привлекает тихая и спокойная жизнь, например, Мэгуми Симидзу мечтает сбежать отсюда после того, как закончит школу. А кто-то, наоборот, перебирается поближе к природе. С такими намерениями и приезжают новые жители и заселяются в новом богатом поместье. Но с их приездом в деревне стало твориться что-то невообразимо зловещее: странная болезнь подкашивает многих жителей. Все надеются на местного врача Тосио Одзако, талантливого молодого человека.