Действие анимационного фильма происходит в 2112 году, когда контроль за людьми ужесточается настолько, что ребёнку при рождении вживляют чип, который называется «психо-паспорт». С помощью этого устройства специальная программа способна считывать физическое и психическое состояние человека, определять дальнейшую судьбу и вовремя его останавливать, если он вдруг задумает преступление. Таких людей мгновенно отлавливают и помещают на лечение в больницу. Но не только простые служители порядка имеют право заниматься поимкой будущих преступников, но и «перевоспитавшиеся» люди. За такими нужен глаз да глаз, несмотря на то, что теперь они на стороне закона. Эта задача возложена на молодого инспектора Аканэ Цунэмори.

2027-ой год. Прошёл ровно год после того, как закончилась неатомная Четвёртая мировая война. Мир нарушает взрыв бомбы. Происшествие начинает расследовать Мотоко Кусанаги.

2027-ой год. Во время взрыва бомбы в Ньюпорт-Сити погибает торговец оружием, связанный с организацией 501. Сотрудник службы безопасности обращается за помощью к Мотоко Кусанаги, чтобы разобраться в этом деле. Тогуса же считает, что Кусанаги сама является преступником, а его расследование убийств проституток связано с этим взрывом.

Япония, Токио. 2036 год. Новейшие технологии в медицине побеждают смерть. Теперь, используя внутренние наноустройства, находящиеся под контролем системы S.H.E.L.L., человеку гарантируется жизнь до 120 лет без болезней и травм. Это приводит к очень сильному расслоению в обществе, падению моральных устоев, деградации и загрязнению планеты. На этом фоне наркоман и отброс общества Оба Ёдзу неожиданно обнаруживает у себя необычные способности.