Средневековая Италия. Главным правителем той эпохи была церковь, не признававшая новшества, современные изобретения и всеми силами пытающая тормозить процесс развития науки, которая впоследствии могла уменьшить её власть. Леонардо да Винчи был признан еретиком за своё стремление к науке, что его не останавливало идти к своей главной цели: раскрыть людям глаза на то как лжива религия.
По приказу короля Утера Пендрагона, недавно взошедшего на престол Камелота, в королевстве было запрещено практиковать магию, так как он считал её источником всех зол. Все волшебники, маги и друиды были убиты или изгнаны, а последний дракон, как символ торжества над магией, заточён в подземелье под за́мком. Спустя 20 лет в Камелот прибывает юноша по имени Мерлин, чтобы учиться медицине у придворного лекаря Гаюса. С первой же встречи Гаюс понимает, что Мерлин обладает особым даром. Но вместо того, чтобы выдать его королю, он берёт юношу под свою опеку, обещая научить его как контролировать магию и использовать её во благо.