Атомная бомба перевернула, искалечила судьбы всех главных персонажей фильма. Не говоря уже о чисто физических страданиях, она изменила и их психологию. Через пять лет после взрыва все выглядит внешне спокойно в деревне близ Хиросимы: женщины обрабатывают рисовые поля, убирают урожай, сплетничают, мужчины удят рыбу. Но те, кто стал жертвой атомной бомбардировки, больше не чувствуют себя равноправными членами общества. К ним относятся с недоверием, их сторонятся.

2034-ый год. Минуло 2 года после того, как Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел. Тогуса — новый руководитель команды, в которой изрядно увеличилось количество персонала. Оперативники сталкиваются со множеством сложных инцидентов и приходят к выводу, что за всеми ними стоит хакер по имени Кукольник.