«Чёрная лагуна» — это небольшая организация, занимающаяся доставкой грузов, зачастую нелегальных, в пределах Южно-Китайского моря. Преступные организации многих стран бьются за власть в самом главном пиратском городе — Роанапуре.

Действие мультфильма происходит во время Второй мировой войны в городе Хиросима. Главная героиня — 18-летняя девушка, которая выходит замуж, несмотря на окружающее сложное время. Теперь ей придётся столкнуться с новыми трудностями. Она становится хозяйкой дома, ей нужно думать о том, чем накормить семью, довольствоваться тем, что посылает судьба, и в то же время не терять радости и волю к жизни.

Шинко — ученица третьего класса. Однажды в их школе появляется новенькая девочка Киико, которая раньше жила в большом городе. Все остальные в классе сторонятся её, считая странной, однако Шинко быстро находит с ней общий язык. Девушки становятся подружками, и однажды во время прогулки они наталкиваются на раскопки древнего здания бывшего губернатора, который жил вместе с дочкой того же возраста, что и девочки. Героини начинают фантазировать о том, как они жили и какими были.