В далеком будущем 2/3 населения Земли уничтожено из-за различных природных катаклизмов. От сна пробудились ангелы Тени, бессмертные крылатые создания, цивилизация которых была разрушена 12000 лет назад. Вернувшись, ангелы Тени решили отомстить людям и вновь подчинить себе мир. Но люди не были согласны сидеть, сложа руки, и покорно ждать полного уничтожения. Из руин на дне моря они подняли три вектора — боевые машины, созданные некогда ангелами Тени. Вот уже 11 лет война идет с переменным успехом. Людей становится все меньше, но и мифические звери нередко проигрывают в борьбе с гигантским роботом. И обе стороны ждут появления Солнечного Крыла, реинкарнации ангела Аполлониуса, некогда уничтожившего собственных соплеменников. Ему одному под силу вернуть Древу Жизни былое величие. Но он может встать и на защиту людей, раскрыть истинные возможности Аквариона и уничтожить ангелов раз и навсегда. Судьба мира зависит от его выбора.

Действие фильма происходит в Шафле, мире, где люди, боги и демоны живут бок о бок. Рин Цутими —обычный старшеклассник, который попадает в водоворот приключений, когда в него разом влюбляется дочь короля богов и дочь короля демонов. Кого же выберет парень? Или же он предпочтёт отдать своё сердце простой девушке?

Хэй и Инь решают покинуть Синдикат, чтобы обрести свободу действий. Волею судьбы герои оказываются во Владивостоке, который оказывается населён людьми всех национальностей, как библейский Вавилон.