Три века назад Лес пробудился, и Луна низвергла на Землю зловещего Зверя. Род людской обратился в ужас… Ныне мир совсем не похож на то, чем он был до катастрофы. Остатки человечества малочисленны и разобщены: часть пытается сосуществовать с Лесом, другая часть ищет способы покорить то, чего не способна понять. Агито, сын героя, ставит под угрозу уничтожения всех людей, пробудив от векового сна юную Тулу. Увидев, во что превратилась Земля, Тула призывает древнюю технологию, чтобы выстроить новое будущее на останках прежнего мира. Заручившись благословением Леса, Агито должен спасти девушку от самой себя — ведь только так можно уберечь человеческую расу от окончательной гибели.

15 лет назад на Землю обрушилась ужасная катастрофа, которая унесла жизни многих людей. Вместе с катаклизмом на планету стали нападать Ангелы, чужеродные боевые машины, наделённые огромной силой и способные уничтожить целые города. Чтобы дать отпор незваным гостям, тайная организация NERV создаёт Евангелионы, боевые машины из органического материала, управлять которыми могут лишь несколько избранных подростков, рождённые спустя 9 месяцев после первого вторжения Ангелов. Один из таких ребят - Сидзи Икари, сын главы организации NERV. После смерти матери мальчик надеялся, что теперь, когда отец пригласил его в Токио, они, наконец, сблизятся, найдут общий язык и станут настоящей семьёй, но вместо этого он попадет на настоящую войну. Сможет ли он вместе со своими друзьями, молчаливой Рэй Аянами и дерзкой Аской Сорью-Лэнгли, защитить планету от Ангелов, которые с каждым разом становятся всё сильнее, приближая час Апокалипсиса?