2034-ый год. Минуло 2 года после того, как Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел. Тогуса — новый руководитель команды, в которой изрядно увеличилось количество персонала. Оперативники сталкиваются со множеством сложных инцидентов и приходят к выводу, что за всеми ними стоит хакер по имени Кукольник.

2027-ой год. Во время взрыва бомбы в Ньюпорт-Сити погибает торговец оружием, связанный с организацией 501. Сотрудник службы безопасности обращается за помощью к Мотоко Кусанаги, чтобы разобраться в этом деле. Тогуса же считает, что Кусанаги сама является преступником, а его расследование убийств проституток связано с этим взрывом.

Главный герой — Коноха Иноуэ — выглядит обычным старшеклассником. Его школьная жизнь могла бы показаться совершенно неинтересной, если бы не хранимый им секрет — он хотел стать писателем — автором женских романтических бестселлеров. Однако после одного неприятного эпизода, произошедшего два года назад, он поклялся себе никогда больше не писать. Все меняется, когда он переходит в новую школу. Президент литературного кружка Токо Амано буквально вынуждает его вступить в клуб. Токо питается книгами, поэтому теперь каждый день после занятий Коноха пишет для нее новую литературную пищу.

Таро Ханаукё неожиданно получает в наследство от деда большое поместье с горничными. Все работницы, которые были обучены бывшим хозяином с причудами, всеми силами стараются угодить Таро. Они всюду следуют за ним: в туалет, ванну, даже в постели составляют ему компанию. Сможет ли 14-летный парень сохранить чистоту помыслов, когда его готовы ублажать десятки красивых девушек?