В основе сценария «Гадких лебедей» — повесть о городе-призраке с интернатом для одаренных детей. Там подрастает племя молодое и пугающе странное, чьими учителями являются существа «мокрецы» — то ли мутанты, то ли пришельцы. В городе происходит беспричинное изменение климата, напоминающее вселенский потоп. Естественно, вокруг вьются бесчисленные комиссии, изучающие эту аномалию, спецслужбы и спецагенты.Герой фильма, писатель Виктор Банев вынужден вести собственное расследование этой ситуации, так как среди детей интерната находится его дочь. По сути, он включается в борьбу не только за судьбу конкретных детей и своей дочери, но и за ту форму Будущего, которое выберет человечество.

У супругов Воздвиженских очень долго — в течение восьми лет — не было детей. Когда же наконец у них родился сын Филипп, глава семьи узнал, что этот ребенок не от него. Воздвиженский решает уйти из дома, однако жалость к беспомощной жене и малышу не позволяет ему это сделать. С каждым днем в нем усиливаются отцовские чувства, и в конце концов Воздвиженский так привязывается к ребенку, что не может жить без него.Но он не в состоянии простить жене измену и остается с ней только ради мальчика, которого любит как родного сына. Однако спустя пять лет этот семейный союз все же окончательно распадается: жена Воздвиженского уходит к отцу ребенка, пообещав своему бывшему мужу, что мальчик будет носить его фамилию, правду же о своем появлении на свет он узнает только после смерти одного из мужчин…