В конце II Мировой войны, через мгновение после известий о бомбёжке Хиросимы, суперсекретный японский линкор «Ра» столкнулся со своим американским собратом, и в результате непродолжительного боя оба канули в лету. Через 50 лет потомки офицеров «Ра» в числе спецподразделения ООН отправляются в Антарктиду, чтобы изучить необычный феномен, и обнаруживают там таинственную чёрную колонну, которая уничтожает почти всю команду. Но это оказывается только началом битвы, в которой всё человечество может быть уничтожено за считанные секунды.

В 2038 году группа мусорщиков входит в комплекс Kyron-5 в поисках драгоценного вещества Texmexium. Все они погибают, кроме механика Бруклина. Он встречает странствующего Texas Ari Ranger и двух детей. Чтобы спасти себя и человечество от гнева Kyron-5, они должны его уничтожить. Бруклин находит GUNHED (Gun UNit Heavy Elimination Device), боевого робота, и восстанавливает его. Тем временем Babe трансформируется в био-дройда и ищет сержанта Nim и Texmexium, который она украла. Чтобы спасти её и уничтожить Kyron-5, Бруклин должен справиться со своей боязнью кокпитов и пилотировать GUNHED до вершины башни. По пути он сталкивается с защитными системами комплекса.