Действие происходит в наши дни. В горную деревушку приезжает молодой учитель и влюбляется в женщину из рода, который связывает наш мир с потусторонним.

На дворе все еще Япония 19 века и Затойчи стал заметно старше, но от этого техника фехтования у него не ухудшилась и неприятности также просто его находят как и раньше. Затойчи сидит в тюрьме за воровство. Он рассказывает приятелю-заключенному, что судья почти что оправдал его, потому что не мог поверить, что слепые могут быть ворами. И чтобы доказать обратное, Затойчи выхватил у судьи дзюттэ и выбежал с ним их здания суда. Его схватили и приговорили к маленькому сроку заточения в тюрьме. Позже, после своего освобождения, он расскажет своему другу Норихеи Мики, что удары, послужившие ему наказанием, только расслабили ему плечи. Затойчи и бедный ронин становятся друзьями. Он разрывается меж двух огней, потому что ему предложили весомую награду за голову Затойчи. Однако, Затойчи — единственный человек, с кем он столкнулся в своей одинокой жизни, и который понимает его, и разделяет его чувство юмора. К тому же, он уважает кодекс жизни Затойчи и его мастерство фехтования. Что же ронин выберет: поддастся давлению денег или защитит своего нового друга?

В 2038 году группа мусорщиков входит в комплекс Kyron-5 в поисках драгоценного вещества Texmexium. Все они погибают, кроме механика Бруклина. Он встречает странствующего Texas Ari Ranger и двух детей. Чтобы спасти себя и человечество от гнева Kyron-5, они должны его уничтожить. Бруклин находит GUNHED (Gun UNit Heavy Elimination Device), боевого робота, и восстанавливает его. Тем временем Babe трансформируется в био-дройда и ищет сержанта Nim и Texmexium, который она украла. Чтобы спасти её и уничтожить Kyron-5, Бруклин должен справиться со своей боязнью кокпитов и пилотировать GUNHED до вершины башни. По пути он сталкивается с защитными системами комплекса.