В 2009 году весь Токио попадает под власть Якудза — мафии, появившейся в стране восходящего солнца 400 лет назад. О Якудза известно только то, что любой, кто проникнет в ее тайны, обречен.Но находится смельчак, виртуозно владеющий оружием и боевыми искусствами, и он бросает вызов всемогущему клану…

Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, — абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь. Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра — от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и с Меха-Годзиллой…