Отец-император изгоняет своего сына, пока он не сможет контролировать себя, его сила представляет угрозу для окружающих. В странствиях принц Ямато встречает волшебницу Ото, и они вместе отправляются на борьбу против злого бога, имеющего облик восьмиголового дракона. Сможет ли Ямато вернуться домой, чтобы занять своё законное место на троне?

Расщепление урана в земных недрах вызвало неуправляемую цепную реакцию в теле Годзиллы, превращая его в ядерную бомбу замедленного действия, готовую взорваться в любую минуту.В это время в одной яз лабораторий Токио ученые создают препарат, неверное применение которого приводит к созданию супермонстра «РАЗРУШИТЕЛЯ», уничтожающего все на своём пути. Единственный шанс человечества на выживание — что в чудовищной схватке титанов не будет победителя.

Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, — абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь. Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра — от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и с Меха-Годзиллой…