Картина пародирует и одновременно воздаёт должное классическим японским фильмам о самураях, объединив драматический сюжет со сценами захватывающих боёв. В 1696 году благородный молодой самурай, имеющий вспыльчивый характер и не слишком умный, изучает путь воина. Ему приходится отправиться на поиски вора, укравшего драгоценный меч.

Гениальный ученый Шурагами создал супер организм Биорант, используя для этого радиоактивные клетки Годзиллы, за которыми охотится международная мафия. А в это время извержение вулкана возродило спящего на дне Токийского залива Годзиллу к жизни. Жители Япония в панике — встреча двух монстров неизбежна и выживет только один из них. И на этот случай силы обороны приготовили своё новое оружие «Супер Икс-2», с помощью которого они готовы уничтожить уцелевшего монстра.