Рабочий Даг Куэйд ведёт однообразную скучную жизнь. Всё меняется, когда ему вживляют воспоминания, после чего он перестаёт отличать реальность от плода фантазии.

Через 200 лет после событий на планете-тюрьме учёные клонируют Элен Рипли, чтобы получить Королеву Чужих. Однако ДНК Элен смешивается с инопланетной ДНК и в итоге получается нечто, откладывающее яйца, с характеристиками человека и пришельца. Это нечто вскоре вырывается из лаборатории и захватывает весь научно-исследовательский корабль «Аурига». Ситуация выходит из под контроля.

Антарктида. Учёные ищут давно пропавшую цивилизацию. Подо льдом они находят огромные пирамиды со следами пребывания как людей, так и чужих. Однако это место оказалось не безжизненно. Хищники только и ждали того момента, когда сюда снова придут люди, чтобы приманить чужих. Теперь же они готовятся к решающей битве между расами.

Прошло больше пятидесяти лет после того, как капсула с Эллен Рипли потерялась в космосе. Когда она была найдена спасателями, по заданию высшего командования она снова отправляется на страшную планету, с которой еле спаслась. Однако в этот раз ей придётся столкнуться не с одним чудовищем, а с тысячью особей.

Возвращаясь из дальнего космоса на Землю, космический корабль получает странный сигнал от близлежащей планеты. Они решают отправиться на планету, однако там их ждёт совсем нетёплый приём.