Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Супермен вернулся на Землю, однако здесь всё изменилось. Люди привыкли жить без героя, а его любимая Доис Лэйн прекрасно устроила свою жизнь. И только вечный враг Лекс Лютор готов снова противостоять Супермену. Тем не менее герой готов встать на защиту Земли и её обитателей.