Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Республика погружена в хаос противоречий и междоусобных стычек. Силы сепаратистов растут с каждым днём и грозят совсем уничтожить республику. Именно поэтому верховный канцлер Палпатин добивается консолидации власти в республике в своих руках и начинает создавать республиканскую армию, чтобы помочь силам джедаев справиться с сепаратистами. В это же время юный, но уже повзрослевший джедай Энакин Скайуокер возвращается к королеве Амедале.

Республика начинает гибнуть под мощными ударами мощной Империи. Джедаем всё труднее удержать контроль над галактикой. В это время беременная Падме понимает, что Энакен переходит на тёмную сторону, и обратно дороги для него уже нет.