Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...

Сила Нео растёт. Теперь он может использовать её не только в Матрице, но и в реальном мире, а также может отделять сознание от тела. В результате этих экспериментов он застревает на станции между мирами. Тем временем Зион готовится к решающему сражению с машинами. Их шансы на победу минимальны, поэтому все ждут Нео - избранного, способного спасти людей. Однако никто неподозревает, что в войне участвует третья сторона, чья цель уничтожить оба мира.

Если заключить сделку с дьяволом, то можно получить всё, что угодно, но цена будет одна и та же - твоя душа. Джонни Блэйз заплатил такую цену, чтобы спасти своего отца от смертельной болезни. Проходит время, Джонни становится всемирно известным гонщиком-экстремалом. И вот однажды дьявол вновь появляется в его жизни, чтобы получить свою плату. Однако он не убивает Джонни, а делает его своим слугой - Призрачным Гонщиком. С наступлением ночи Джонни превращается в огненного скелета и, проносясь на мотоцикле по городу, собирает души для своего хозяина. Остаётся один вопрос: сможет ли светлая сторона Джонни освободить его от проклятия?