Сара Коннор и её сын Джон, отец которого был солдатом, прибывшем из будущего, чтобы спасти его мать, стараются свести к минимуму все попытки правительства обнаружить себя. Избегая стычек с правительством, они также планируют аннигиляцию корпорации Skynet, которая в будущем поработит человечество. Действие происходит после событий, произошедших в «Терминаторе 2: Судный день».

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...