В семье 16-летнего Чарли произошла трагедия. Пережить эту боль в одиночку, да ещё с бурлящими гормонами, ему не под силу. Чарли знакомится с Мэгги - она специалист по боли, но берёт за это деньги. Между ними возникает связь. Мэгги знает, что Чарли нуждается в ней, но ещё не осознает, что сама нуждается в нём.

Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...