Двойная жизнь тяготит Питера Паркера, и ради собственной счастья он решает убрать костюм Человека-паука подальше в шкаф и начать жить обычной нормальной жизнью. У него прекрасные отношения с Мэри Джейн и блестящие успехи в учёбе. Однако его лучший друг Гарри Озборн, ставший Зелёным Гоблином всё равно жаждет мщения, а над городом вновь нависла угроза в виде Песочного Человека. Тем не менее это не самые страшные противники Питера, самым серьёзным его врагом станет его собственная тёмная сторона.

Вот уже два года Питер Паркер пытается совместить две жизни в одной: героя Человека-паука и обычного студента. Из-за того, что он постоянно вынужден многое скрывать, Питеру не легко общаться со своими близкими. Его дружба с Гарри омрачается тем, что тот не может не о чём думать кроме как о мщении Человеку-пауку за смерть отца, а тётушка Мэй не может нормально общаться с племянником, потому что Питер рассказал ей обстоятельства смерти дяди Бэна. Тем временем в городе вновь появляется злодей - доктор Отто Октавиус, с которым может справиться только Человек-паук.