Много лет назад Святой Грааль был утерян. Но вот однажды семейство Иггдмилления заявляет, что древний артефакт находится у них, тем самым пошатнув хрупкое равновесие мира. Многие направляются в Румынию, где на данный момент проживают владельцы Грааля, чтобы завладеть им, так как считают, что артефакт должен храниться у самых достойных из достойнейших.

Эдвард и Альфонс Элрики, владеющие искусством алхимии, пытались вернуть к жизни свою мать, которая скончалась от болезни. Но бросив такой дерзкий вызов судьбе, они забыли о главном Законе алхимии, который гласит: чтобы получить желаемое, ты должен отдать что-то равноценное этому. Их эксперимент закончился неудачей, вследствие чего Эдвард лишился руки и ноги, а младший брат и вовсе всего тела. Но Эдвард успевает запечатать душу брата в стальных доспехах. Повзрослев и набравшись опыта, братья отправляются на поиски философского камня, который позволяет обойти Закон, чтобы закончить начатое.

Тайная организация «Акросс» строит планы по захвату мира. Главой этой организации является Ильпалаццио, который только и делает, что изучает английский и музицирует, поручая всю грязную работу Эксель, девушке, которая безумно влюблена в этого ленивого злого гения.

У Кейтаро Урашимы в детстве была подруга, которая рассказала ему, что если двое любящих друг друга поступят вместе в Токийский университет, то они всегда будут вместе. Но семья его подруги переехала, и дети потеряли связь друг с другом. Проходит 15 лет, Кейтаро уже не помнит ту девочку, с которой они вместе проводили дни и поклялись друг другу, что обязательно поступят вместе в университет. Но герой всё ещё не теряет надежды её найти и прилагает все усилия, чтобы поступить в вуз.

Исанами направляется в земли Юкимуры Санады. Храм, где она жила, сгорел, и кроме неё не осталось никого из выживших. Один из монахов перед смертью успел сказать Исанами, чтобы она отправлялась к Санаде, где сможет попросить о помощи. По дороге героиня встречает Киригакурэ Сайзо, ронина, который, сжалившись над беззащитной девушкой, соглашается отправиться с ней в путь.

Неожиданно в самых больших городах мира одновременно рушатся все небоскрёбы. Жестокая атака террористов повергает всех в панику. Доктор Гилмор, создатель девяти киборгов, которые в прошлом спасли мир от гибели, решает снова собрать старую команду и сразиться со злоумышленниками.

Ханамичи Сакураги всегда имел скверный характер, из-за чего его отвергли все девушки, кому он признавался в своих чувствах. Но теперь он идёт в старшую школу, где встречает Харуко Акаги, девушку своей мечты. Но она уже любит Каэдэ Рукаву, который играет в школьной баскетбольной команде. Герой решает побороть своего соперника не только в любви, но и в игре, поэтому он вступает в команду.