2032-ой год. Техника достигает колоссально прогресса. Люди живут под одним небом вместе с киборгами и роботами. Бато — детектив из отдела полиции по борьбе с терроризмом. У него искусственное тело, а от человека остался только мозг и воспоминания о Мотоко Кусанаги.

2034-ый год. Минуло 2 года после того, как Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел. Тогуса — новый руководитель команды, в которой изрядно увеличилось количество персонала. Оперативники сталкиваются со множеством сложных инцидентов и приходят к выводу, что за всеми ними стоит хакер по имени Кукольник.