Фильм повествует о лаборатории, где работает женщина-ботаник. Лаборатория — это стеклянное здание, расположенное в горах, что создает ощущение пространства и открытости. Окна лаборатории выходят на голую площадку в лесу, посреди которой стоит большое кривое дерево, посторонний предмет, не вписывающийся в пейзаж. Пространство открытое, но в то же время создается ощущение отрезанности от мира. Вокруг дерева развивается конфликт между женщиной-ботаником, которая считает, что дерево ядовитое, а потому опасное; группой людей, боготворящих дерево, и группой, стремящейся срубить дерево с целью наживы.

Дело происходит в Японии. Старик, отец семейства уже умирает — ходит с большим трудом, постепенно теряет рассудок. По старой традиции его старший сын должен отнести его на спине в глухой лес и оставить там умирать. Старик и сам просит об этом сына, но тот не может себя заставить это сделать.

Однажды в Токио стали пропадать люди. Сначала пропал молодой человек, разработавший уникальную компьютерную программу, с помощью которой общение между людьми облегчалось донельзя. Его верные друзья искали его несколько дней, пока одна из его подруг, придя к нему домой, не обнаружила на стене тень парня, в один миг растаявшая как дым, оставив следы какого-то неизвестного вещества.