Сюжет вращается вокруг молодого пилота Хикару Ичидзё, его возлюбленной из Макросс-сериала Мисы Хаясе и начинающей певицы Линн Минмэй. Эта история происходит на фоне беспощадной войны между людьми и Зентради (великанами-мужчинами), обладающими космическим флотом из миллионов кораблей. Зентради и Мельтанди (великаны-женщины) живут отдельно друг от друга и являются врагами друг другу. В ходе войны уничтожается практически всё живое на планете Земля со всеми её жителями. В живых остаются исключительно экипаж Макросса и его жители. Во время этой войны Миса Хаясе и Хаикару Ичидзё оказываются на выжженой войной Земле, где находят город-крепость «Протокультуры» и подают сигнал Макроссу.

Двенадцать тысяч лет Теневые Ангелы Атландии ждали шанса нанести роковой удар человечеству, но когда этот шанс, наконец представился, на защиту мира встала международная организация «Деава». Аполло — подросток-пилот одного из истребителей «Деавы», составляющих робота Аквариона, является реинкарнацией падшего ангела Аполлония, и судьба этого пятнадцатилетнего храбреца — снова выступить против своего извечного соперника Томы в решающей битве, которая определит судьбы Земли.