У берегов острова Гуам при невыясненных обстоятельствах потерпела крушение американская подводная лодка. Адмирал Татибана убежден, что катастрофа произошла по вине Годзиллы, короля всех монстров, и что спустя почти полвека после первого нападения на Токио Годзилла возвращается, чтобы уничтожить Японию.Чтобы подтвердить или опровергнуть утверждение адмирала, его дочь Юрико, репортер популярной телепрограммы, пытается выяснить, что скрывается за тремя совершенно различными происшествиями, которые случились в трех разных районах страны.Она знакомится с таинственным стариком Исаямой, и он рассказывает Юрико о трех монстрах, контролирующих небеса (Королевская Гибра), морские просторы (Мотра) и земное пространство (Барагон). Только им под силу справиться с разгневанной Годзиллой…

Три века назад Лес пробудился, и Луна низвергла на Землю зловещего Зверя. Род людской обратился в ужас… Ныне мир совсем не похож на то, чем он был до катастрофы. Остатки человечества малочисленны и разобщены: часть пытается сосуществовать с Лесом, другая часть ищет способы покорить то, чего не способна понять. Агито, сын героя, ставит под угрозу уничтожения всех людей, пробудив от векового сна юную Тулу. Увидев, во что превратилась Земля, Тула призывает древнюю технологию, чтобы выстроить новое будущее на останках прежнего мира. Заручившись благословением Леса, Агито должен спасти девушку от самой себя — ведь только так можно уберечь человеческую расу от окончательной гибели.