В 9784 году по летоисчеслению Содружества, ницшеанцы подняли восстание против Содружества Систем, стремясь избавиться от контроля и установить собственный порядок. Началась война, исход которой должен был изменить весь мир. Дабы не допустить победы врага, на встречу их флоту был направлен крейсер Звёздной Гвардии Содружества «Созвездие Андромеды» под командованием капитана Дилана Ханта.Однако, самое мощное судно из когда-либо созданных людьми, попало в западню ницшеанского флота. Не видя никаких возможностей спастись, капитан отдал приказ экипажу эвакуироваться с корабля. Сама же «Андромеды» вместе с капитаном Хантом стала пленником временной аномалии на границе чёрной дыры в системе Гефеста. Вскоре Содружество Систем было повержено, однако, Ницшеанская Империя так и не была создана. С этого времени вселенная погрузилась во тьму и хаос «Долгой Ночи».Прошло 303 года, прежде чем корабль «Эврика Мару», находящийся под командованием Беки Валентайн, смог вытащить когда-то могущественное судно Содружества с орбиты чёрной дыры. Для всех жителей вселенной прошло 303 года, тогда как для Дилана Ханта прошло лишь одно мгновение. Объединившись с членами экипажа «Эврики Мару», капитан Хант взялся за миссию по восстановлении Содружества Систем, прекрасно зная, что этот путь к его цели будет долгим и сложным.

Будущее, в котором в каждого человека вживлен микрочип, записывающий всю его жизнь. Главный герой — цензор, просматривающий и редактирующий записи своих клиентов, — обнаруживает в памяти одного из них намеки на свое собственное «вырезанное» прошлое, из-за чего начинается цепная реакция событий, не предусмотренных Системой.