Прошло полгода после того, как Нео впервые попал в реальный мир. Все больше и больше людей освобождаются от Матрицы и прибывают в Зион - последний свободный город людей. Нео открывает в себе сверхспособности, способные помочь ему в войне с машинами. Неожиданно жители Зиона узнают, что 250 000 машин делают подкоп под городом и ворвутся в него в течение 72 часов. Зион готовится к войне, а Нео, Морфиус и Тринити отправляются на поиски Ключника...

Томас Андерсон всегда жил двойной жизнью. Днём он был обычным программистом, а по ночам - известным хакером Нео. Нео всегда задавался вопросом: что реально в этом мире, однако истину он даже представить себе не мог. Однажды он знакомится с Морфиусом - великим хакером и террористом в глазах правительства. Морфиус рассказывает Нео, что всё, что он знал в жизни - это лишь иллюзия, а мир - это искусственно созданная Матрица, и показывает ему настоящую реальность.