Мюнхен, 1923 год. Два года прошло с тех пор, как Эдварда Элрика забросило в наш мир из его собственного мира, где остался его родной край, друзья и младший брат, Альфонс. Лишившись возможности применять алхимию, Эд всё это время занимался исследованиями в области ракетной техники вместе с Альфонсом Хайдерихом — молодым человеком, очень похожим на его младшего брата, — надеясь, что таким образом отыщет способ вернуться домой. До сих пор его труды оказывались тщетны, но когда он узнал, что Общество Туле — оккультистская группа, близко связанная с нацистской партией, — обнаружила ключ к местонахождению легендарной, мистической страны Шамбалы, надежды Эдварда вспыхнули с новой силой. Тем временем в своём родном мире Альфонс Элрик все глубже погружается в тайны алхимии, ища способ воссоединиться со своим старшим братом.

Эдвард и Альфонс Элрики, владеющие искусством алхимии, пытались вернуть к жизни свою мать, которая скончалась от болезни. Но бросив такой дерзкий вызов судьбе, они забыли о главном Законе алхимии, который гласит: чтобы получить желаемое, ты должен отдать что-то равноценное этому. Их эксперимент закончился неудачей, вследствие чего Эдвард лишился руки и ноги, а младший брат и вовсе всего тела. Но Эдвард успевает запечатать душу брата в стальных доспехах. Повзрослев и набравшись опыта, братья отправляются на поиски философского камня, который позволяет обойти Закон, чтобы закончить начатое.

Когда встречаются два вспыльчивых человека, да ещё к тому же мастерски владеющие мечом, битвы не избежать. Вот и встреча Мугэна и Дзина не стала исключением. В ходе их сражения они спалили таверну и убили сына местного префекта, за что и попали в тюрьму. Неизвестно чем всё закончилось бы, если юная девушка по имени Фуу, которая была свидетелем их битвы, не решила их спасти. Взамен она просит помочь ей отыскать таинственного самурая, «пахнущего подсолнухами».