Мюнхен, 1923 год. Два года прошло с тех пор, как Эдварда Элрика забросило в наш мир из его собственного мира, где остался его родной край, друзья и младший брат, Альфонс. Лишившись возможности применять алхимию, Эд всё это время занимался исследованиями в области ракетной техники вместе с Альфонсом Хайдерихом — молодым человеком, очень похожим на его младшего брата, — надеясь, что таким образом отыщет способ вернуться домой. До сих пор его труды оказывались тщетны, но когда он узнал, что Общество Туле — оккультистская группа, близко связанная с нацистской партией, — обнаружила ключ к местонахождению легендарной, мистической страны Шамбалы, надежды Эдварда вспыхнули с новой силой. Тем временем в своём родном мире Альфонс Элрик все глубже погружается в тайны алхимии, ища способ воссоединиться со своим старшим братом.

15 лет назад на Землю обрушилась ужасная катастрофа, которая унесла жизни многих людей. Вместе с катаклизмом на планету стали нападать Ангелы, чужеродные боевые машины, наделённые огромной силой и способные уничтожить целые города. Чтобы дать отпор незваным гостям, тайная организация NERV создаёт Евангелионы, боевые машины из органического материала, управлять которыми могут лишь несколько избранных подростков, рождённые спустя 9 месяцев после первого вторжения Ангелов. Один из таких ребят - Сидзи Икари, сын главы организации NERV. После смерти матери мальчик надеялся, что теперь, когда отец пригласил его в Токио, они, наконец, сблизятся, найдут общий язык и станут настоящей семьёй, но вместо этого он попадет на настоящую войну. Сможет ли он вместе со своими друзьями, молчаливой Рэй Аянами и дерзкой Аской Сорью-Лэнгли, защитить планету от Ангелов, которые с каждым разом становятся всё сильнее, приближая час Апокалипсиса?

Эдвард и Альфонс Элрики, владеющие искусством алхимии, пытались вернуть к жизни свою мать, которая скончалась от болезни. Но бросив такой дерзкий вызов судьбе, они забыли о главном Законе алхимии, который гласит: чтобы получить желаемое, ты должен отдать что-то равноценное этому. Их эксперимент закончился неудачей, вследствие чего Эдвард лишился руки и ноги, а младший брат и вовсе всего тела. Но Эдвард успевает запечатать душу брата в стальных доспехах. Повзрослев и набравшись опыта, братья отправляются на поиски философского камня, который позволяет обойти Закон, чтобы закончить начатое.