В 2133 году, после глобальной войны в которой погибло более половины населения земли, город Олимп стал маяком надежды в мире разрушений и страданий. Олимп — утопия, которой управляет суперкомпьютер Гайа, а важные политические посты занимают искусственно спроектированные люди-биороиды — которым неведомы эмоции злости или ненависти.Дюнан Нант — молодая, но профессиональная военная, и Бриарюс — элитный солдат с телом киборга — напарники и возлюбленные, вместе охраняют покой идеального общества будущего.Старых друзей подвергают нешуточному испытанию, когда напарником Дюнан назначают Терея — экспериментального биороида-воина, созданного на основе ДНК Бриарюса и как две капли воды похожего на его настоящее тело.

2029 год, спецагент по прозвищу «Майор» является единственным в своём роде гибридом человека и киборга, именно под её руководством действует оперативная группа «9-й Отдел». Группе поручают сложную миссию: разыскать опасного компьютерного хакера, который постоянно вмешивается в политику и хочет уничтожить все достижения в области кибер-технологий.

2032-ой год. Техника достигает колоссально прогресса. Люди живут под одним небом вместе с киборгами и роботами. Бато — детектив из отдела полиции по борьбе с терроризмом. У него искусственное тело, а от человека остался только мозг и воспоминания о Мотоко Кусанаги.

2029 год. Государственные границы остаются в прошлом из-за распространившихся повсеместно компьютерных сетей и кибер-технологий. Перед 9-ым Отделом Министерства Общественной безопасности стоит задача поймать известного хакера Кукловода, решившего вмешаться в политику. В ходе поимке возникает вопрос о происхождении Кукловода в этом современном мире, где нет границ между человеком и машиной.

Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники 9-го отдела начинают охоту на танк, который самовольно покинул военный полигон, а также проводят расследование серию загадочных самоубийств андроидов старых моделей. После смерти друга Тогусы агенты нападают на след таинственного хакера, известного под именем Смеющийся Человек.

2034-ый год. Минуло 2 года после того, как Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел. Тогуса — новый руководитель команды, в которой изрядно увеличилось количество персонала. Оперативники сталкиваются со множеством сложных инцидентов и приходят к выводу, что за всеми ними стоит хакер по имени Кукольник.

2027-ой год. Прошёл ровно год после того, как закончилась неатомная Четвёртая мировая война. Мир нарушает взрыв бомбы. Происшествие начинает расследовать Мотоко Кусанаги.

2027-ой год. Во время взрыва бомбы в Ньюпорт-Сити погибает торговец оружием, связанный с организацией 501. Сотрудник службы безопасности обращается за помощью к Мотоко Кусанаги, чтобы разобраться в этом деле. Тогуса же считает, что Кусанаги сама является преступником, а его расследование убийств проституток связано с этим взрывом.