История вращается вокруг онлайновой игры под названием «The World». Прошло четыре года спустя происшествия под кодовым названием «Twilight», который потряс не только мир игры, но и реальный мир. Корпорация CyberConnect, создатель и оператор «The World», проводит для игроков кампанию «Limited Edition Character». Призом этой кампании должны послужить легендарные персонажи «Kite» и «Black Rose». Брат и сестра, учащиеся в 2-м классе старшей школы, Сюго и Рэна, успешно выигрывают этих персонажей. Сюго, собиравшийся выйти из игры, вынужден снова ступить на землю «The World», после того, как его пригласила туда сестра.

Во время Гражданской войны Химура Кеншин, добровольно поступив на службу, стал тайным палачом, убивая самых влиятельных лидеров оппозиции. Но время битвы окончилось, и он, решив, что больше не возьмёт в руки катану отправляется путешествовать по стране, чтобы помогать слабым и беззащитным, так как их по-прежнему притесняют. В Токио Кеншин помогает девушке Каору, которая преподаёт кендо, спасти своё додзё от бандитов. Раскрыв преступникам свою настоящую личность, он заставляет удариться их главаря в бега. Решив, что на этом его дело закончено, герой решает продолжить свой путь, но Каору предлагает ему остаться и помочь восстановить разрушенное после битвы додзё. Но недолго Кеншин наслаждается спокойной жизнью, ведь прошлое следует за ним по пятам…

Искусный мечник Манджи был проклят бессмертием за свои злодеяния. Устав от вечной жизни и бесконечных убийств, он направляется к ведьме, которая наложила заклятие, с предложением, что он убьёт тысячу злодеев и преступников, тем самым искупив прошлые грехи. А от неё он хочет лишь одного, чтобы она позволила ему умереть.