Действие анимационного фильма происходит в будущем. На Землю обрушивается катастрофа в виде монстров. Но человечество не намерено просто так сдаваться. Были изобретены специальные высокотехнологичные роботы Франксы, которыми должны управлять два пилота: девочка и мальчик. Главный герой Хиро, кодовое имя «016», рос, как и все дети, только с одной целью: стать пилотом и вступить в бой с монстрами. Он всегда считался одарённым учеником, но неожиданно он вместе со своей напарницей проваливает последний экзамен. Если Хиро не может управлять Франксом, то его жизнь окончена, жить больше незачем. Но снова к жизни его возвращает странная девушка по имени Зэро Ту, по прозвищу «убийца напарников», которую опасаются остальные пилоты по понятным причинам. И первое, что она говорит Хиро при встрече: «Я нашла тебя, мой милый».
Будучи изгнанный из сиротского приюта Ацуси Накадзиму спасает Осаму Дадзай, пытающегося утопиться. Позже становится известно, что несостоявшийся утопленник работает на спецагентство, чьи сотрудники обладают сверхъестественными способностями и помогают полиции и военным.
Несправедливо выставленный из приюта для сирот Ацуси Накаджиму, умирая от голода, спасает Осаму Дазай, решившего покончить жизнь самоубийством. Обладая сверхспособностями, суицидник работает на необычное детективное агентство, помогающее в трудных и тяжёлых делах полиции и армии.