2027-ой год. Во время взрыва бомбы в Ньюпорт-Сити погибает торговец оружием, связанный с организацией 501. Сотрудник службы безопасности обращается за помощью к Мотоко Кусанаги, чтобы разобраться в этом деле. Тогуса же считает, что Кусанаги сама является преступником, а его расследование убийств проституток связано с этим взрывом.

0097 год Вселенского Века. Человечество беспроблемно колонизирует космос. Действие происходит спустя год после крупного военного конфликта, грозившего обернуться глобальной катастрофой. На орбите Земли обнаруживается высокотехнологическая военная машина. Её появление может полностью изменить судьбу Вселенной.