2027-ой год. Во время взрыва бомбы в Ньюпорт-Сити погибает торговец оружием, связанный с организацией 501. Сотрудник службы безопасности обращается за помощью к Мотоко Кусанаги, чтобы разобраться в этом деле. Тогуса же считает, что Кусанаги сама является преступником, а его расследование убийств проституток связано с этим взрывом.

Много тысячелетий назад на Луне существовало Королевство Серебряный Миллениум. Мир и покой царствовали в нём, пока демоны из Тёмного Царства не напали на процветающий город. В этой беспощадной войне не выжил никто. Королева с помощью Серебряного Кристалла заточила Зло и смогла спасти только свою дочь, погрузив её в глубокий сон. Спустя много столетий демоны пробуждаются и снова норовят напасть, но уже на Землю, которая за это время стала необычайно прекрасной. Но кто теперь сможет встать на защиту человечества?

Искусный мечник Манджи был проклят бессмертием за свои злодеяния. Устав от вечной жизни и бесконечных убийств, он направляется к ведьме, которая наложила заклятие, с предложением, что он убьёт тысячу злодеев и преступников, тем самым искупив прошлые грехи. А от неё он хочет лишь одного, чтобы она позволила ему умереть.