2034-ый год. Минуло 2 года после того, как Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел. Тогуса — новый руководитель команды, в которой изрядно увеличилось количество персонала. Оперативники сталкиваются со множеством сложных инцидентов и приходят к выводу, что за всеми ними стоит хакер по имени Кукольник.

Существует легенда, согласно которой путник, следующий за ароматом Лунного цветка, попадёт в рай. Однако этот запах обнаружит себя не раньше, чем в конце времён. Четыре разных по характеру волка, которые могут оборачиваться людьми, принимают решение найти врата в вечную жизнь.

Четыре волка, способные оборачиваться людьми, отправляются в путь, чтобы отыскать запах таинственного Лунного цветка. Его аромат способен привести странника к райским вратам. Однако пророчество гласит, что он появится только тогда, когда миру будет приходить конец.