Кубо происходит из великого рода, однако в момент, когда жаждущие мести духи прошлого решили вернуться, то на защиту отважились встать лишь двое хранителей. Теперь, чтобы получить хотя бы единственный шанс на спасение, герою предстоит найти доспехи своего отца, величашего и легендарного самурая.

Мистер Линк нанимает исследователя Лайонела Фроста, чтобы помочь найти его родственников, потерявшихся в долине Шангри Ла. Вместе с авантюристкой Аделиной, бесстрашный натуралист отправляется в путешествие, чтобы помочь своему новому другу.