В последней части трилогии о черепахе-мутанте Гамере школьница Яана находит в пещере гигантское яйцо, в котором по легенде скрываются демоны. Из яйца вылупляется маленький монстрик, девочка решает его приручить.Монстр растет, а вместе с ним растет и тайная угроза Японии и всему человечеству. Если огнедышащая Гамера не придет на помощь миру и не изничтожит на корню кровожадное чудовище, грозящееся погубить Землю, наступит новый конец света.

У берегов острова Гуам при невыясненных обстоятельствах потерпела крушение американская подводная лодка. Адмирал Татибана убежден, что катастрофа произошла по вине Годзиллы, короля всех монстров, и что спустя почти полвека после первого нападения на Токио Годзилла возвращается, чтобы уничтожить Японию.Чтобы подтвердить или опровергнуть утверждение адмирала, его дочь Юрико, репортер популярной телепрограммы, пытается выяснить, что скрывается за тремя совершенно различными происшествиями, которые случились в трех разных районах страны.Она знакомится с таинственным стариком Исаямой, и он рассказывает Юрико о трех монстрах, контролирующих небеса (Королевская Гибра), морские просторы (Мотра) и земное пространство (Барагон). Только им под силу справиться с разгневанной Годзиллой…

Все самураи считают констебля Мондо Накамуру старым неудачником. На работе он не смог спасти наместника от гнева обезумевшего простолюдина, а дома им вовсю помыкает нелюбимая жена со своей мамашей. Мондо на это совсем не обижается, ведь они просто не знают, с кем имеют дело. Совсем недавно Мондо Накамура был вожаком легендарной шайки наемных убийц, поэтому до сих пор подрабатывает на этом поприще. Однажды в деревню, где живет и работает Мондо, врывается толпа столичного хулиганья. Под копытами этой «золотой молодежи» из сегунского окружения погибает невинный старик. На следующий день его дочь приходит к боссу местной якудза и объявляет награду за головы убийц. Денег у нее очень мало, поэтому за дело берутся только самые отчаянные из наемников — то бишь Мондо Накамура и загадочный ронин Буншичи, всегда идущий на дело вместе со своим маленьким сыном. Вскоре Мондо узнает, что смерть старика была не случайностью, а хорошо запланированной провокацией со стороны нового наместника Куие…

Мюнхен, 1923 год. Два года прошло с тех пор, как Эдварда Элрика забросило в наш мир из его собственного мира, где остался его родной край, друзья и младший брат, Альфонс. Лишившись возможности применять алхимию, Эд всё это время занимался исследованиями в области ракетной техники вместе с Альфонсом Хайдерихом — молодым человеком, очень похожим на его младшего брата, — надеясь, что таким образом отыщет способ вернуться домой. До сих пор его труды оказывались тщетны, но когда он узнал, что Общество Туле — оккультистская группа, близко связанная с нацистской партией, — обнаружила ключ к местонахождению легендарной, мистической страны Шамбалы, надежды Эдварда вспыхнули с новой силой. Тем временем в своём родном мире Альфонс Элрик все глубже погружается в тайны алхимии, ища способ воссоединиться со своим старшим братом.