После многих лет затишья Годзилла вновь объявляется у берегов Японии и уничтожает рыболовное судно. Опасаясь новой вспышки слухов и паники, японские власти изолируют единственного выжившего моряка, но после того, как Годзилла нападает на советскую ядерную подводную лодку, скрывать правду становится бессмысленно и опасно.

Гениальный ученый Шурагами создал супер организм Биорант, используя для этого радиоактивные клетки Годзиллы, за которыми охотится международная мафия. А в это время извержение вулкана возродило спящего на дне Токийского залива Годзиллу к жизни. Жители Япония в панике — встреча двух монстров неизбежна и выживет только один из них. И на этот случай силы обороны приготовили своё новое оружие «Супер Икс-2», с помощью которого они готовы уничтожить уцелевшего монстра.